Ved sin død i 1952 efterlod fabrikant Vilhelm Pedersen sig en betydelig formue, og i forbindelse med hustruens bortgang i 1968 stiftedes Fabrikant Vilhelm Pedersen og Hustrus Legat med kapitalen fra dette bo.
Legatets oprindelige formål var at yde støtte til videreuddannelse og dygtiggørelse af yngre mennesker primært inden for industri og handel, støtte videnskabeligt arbejde for yngre videnskabsmænd samt i det hele taget virke til gavn for dansk erhvervsliv.
Vilhelm Pedersens datter, fru amtslæge Karen Jakobsen, døde i 1998 og efterlod en meget betydelig kapital til legatet. Det var fru Karen Jakobsens ønske, at afkastet af denne kapital skulle anvendes til støtte for lægevidenskabelig forskning.